makes microbiology easier

Exploration du microbiote

Accompagnement de projets liés au microbiote

Smaltis soutient les différentes étapes du développement de vos produits dérivés ou agissant sur le microbiote, afin d’alimenter les données sur vos candidats et de constituer les dossiers réglementaires nécessaires à leur mise sur le marché.

Contexte

Un microbiote constitue l’ensemble des micro-organismes (bactéries, archées, levures, champignons, virus) vivant dans un environnement spécifique. Cette communauté écologique est constituée de microorganismes commensaux présents dans et sur tous les organismes multicellulaires étudiés à ce jour. Chez l’Homme et l’animal, on distingue différents microbiotes (cutané, vaginal, urinaire, respiratoire, ORL, intestinal…), dont la composition diffère l’un par rapport à l’autre.

Dans son état normal, un microbiote est constitué de microorganismes vivant en symbiose entre eux et avec leur hôte, caractérisée par un dialogue homéostasique influençant différents systèmes physiologiques. En cas de dysbiose, ce dialogue est rompu, et peut causer de nombreuses pathologies.

C’est ainsi que le microbiote humain et animal constitue l’un des principaux accélérateurs de la recherche médicale au 21ème siècle. En effet, agir sur cette dysbiose s’avère riche de promesses et représente aujourd’hui une nouvelle discipline médicale, tant sur le plan du diagnostic, de la prévention et du traitement de maladies, que de la génération de nouveaux produits pharmacologiques à partir d’un microbiote. Ces recherches permettent en effet de mettre à jour de nouveaux biomarqueurs clés du diagnostic de pathologies, et d’aboutir à une médecine plus personnalisée. De plus, les découvertes conduisent à l’identification de différentes stratégies préventives ou thérapeutiques, via la modulation des micro-organismes, des substances qu’ils produisent et du microbiome dans son ensemble. Ceci passe par la modification de l’hygiène de vie, le recours aux prébiotiques, probiotiques, post-biotiques, ou symbiotiques, à la transplantation fécale, aux Live Biotherapeutic Products, ou à tout autre composé préservant ou rééquilibrant la microflore… dans le but de préserver au mieux le capital-santé de chacun.

Le champ des possibles est très vaste et de nombreuses expériences sont nécessaires afin de caractériser ces produits et d’évaluer leur efficacité. C’est là que Smaltis intervient, en vous accompagnant dans ces évaluations.

Produits et microbiotes étudiés

Smaltis accompagne le développement de divers composés ou microorganismes. Selon leur cible, différents microbiotes et bactéries peuvent être étudiés, dans un contexte pathologique ou non.
Les domaines étudiés sont la santé animale, humaine, et environnementale.

Microbiote Intestinal, Vaginal, Oral, Pulmonaire, Urinaire…
Microbiote du sol, microbiote aquatique

Microbiotic Medicinal Products – Live Biotherapeutic Products – Non-Living Biotherapeutic Products –

Prébiotiques, Probiotiques, Postbiotiques, Synbiotiques – Phages – Autres composés

Notre offre

Intervention sur les différentes étapes clés de la mise sur le marché

Screening & Caractérisation
de souches

Génotype, phénotype, identification biochimique, séquençage complet du génome (whole genome sequencing), activité biologique, production de métabolites, sensibilité aux antibiotiques, virulence, transfert de gènes, stabilité génétique, gastro-résistance, adhésion, présence de plasmides et d’éléments génétiques mobiles, viabilité, effet antagoniste vis-à-vis de bactéries pathogènes…

Optimisation de souches bactériennes

Suppression de séquences phagiques ou d’autres contaminants génomiques, suppression de gènes liés à la diffusion, réduction de la transmission d’antibiorésistance et de pathogénicité, atténuation de facteurs de virulence, élimination de plasmides, insertion de gènes pour la production de protéines recombinantes, optimisation de l’expression génique…

Mécanisme d’action

Outils et Modèles conçus pour évaluer l’efficacité.
Screening fonctionnel – Dose seuil – Description des interactions avec les bactéries – Détermination de biomarqueurs – Bioassays – Diagnostic compagnon

Description de microbiotes

Next Generation Sequencing pour décrire le microbiote par des analyses de métagénomique et métatranscriptomique
Etudes post-métagénomiques pour expliquer l’évolution d’un microbiote induite par un candidat

Contrôles analytiques

Stabilité, pureté, identité, niveau d’efficacité, taux d’expression de protéines recombinantes…

Développement de procédés

Mode opératoire spécifique pour monitorer les souches ou composés issus de souches
Détermination des meilleures conditions de culture
Partenariat avec d’autres sociétés pour la production de protéines recombinantes

Outils et Modèles

Grâce à ses plateformes de microbiologie, biologie moléculaire et biologie cellulaire, Smaltis peut travailler à partir de différents modèles et échantillons, et proposer des modes opératoires spécifiquement adaptés aux projets. 

Modèles :

› Cultures & co-cultures de bactéries aérobies ou anaérobies et levures d’intérêt
          → Collections de bactéries disponibles
          → Construction de souches sur-mesure

› Infections cellulaires
         → Modèles d’infection et de réponse cellulaire sur cellules intestinales (Caco2, T84, HT29), pulmonaires (A549, NCI-H820), macrophages (macrophages murins J774A.1, monocytes THP-1)…

› Echantillons biologiques
          → Biopsies, explants de peau, selles…

Exemple de réalisation

Etude dans le cadre de la maladie de Crohn : accompagnement du développement d’un composé interagissant avec la protéine FimH des souches bactériennes E. coli responsables de la sur-inflammation aigüe observée chez les patients atteints de cette pathologie.

Etude préclinique :
Evaluation des propriétés d’adhésion et d’invasion de souches AIEC (E. coli adhérents invasifs), sur une lignée de cellules épithéliales intestinales
Développement d’un test d’agrégation pour visualiser l’interaction entre le composé et les protéines FimH des souches d’intérêt

Etude clinique phase I b :
Développement d’une méthode pour isoler les bactéries “biomarqueurs” à partir de biopsies intestinales

Poursuite des travaux dans le cadre de l’étude clinique de phase II

Composé développé par les sociétés Enterome puis Takeda