making microbiology easy

Génomique

Accompagnement des projets de génomique / transcriptomique et matrices complexes

Smaltis accompagne les projets liés à des études en génomique et transcriptomique dans différents contextes :

  • La caractérisation moléculaire d’échantillons complexes,
  • L’évaluation de l’impact de produits sur une cible moléculaire,
  • La validation de réactifs et kits de diagnostic ou outils de détection pour la recherche,
  • Le contrôle qualité de matières premières pharmaceutiques de type plasmides, protéines recombinantes, micro-organismes,
  • etc.

Nos experts mettent en œuvre des prestations de routine et des études sur-mesure de l’étape de conception du mode opératoire, jusqu’à l’analyse des données de biologie moléculaire.
Notre double expertise en microbiologie et biologie moléculaire nous permet aussi de proposer des prestations d’analyses à partir de matériel génétique bactérien.

Echantillons traités et étudiés

Smaltis travaille à partir de tout type d’échantillon biologique, du plus simple au plus complexe, en adaptant les protocoles à ces derniers. Smaltis peut sourcer au besoin ces échantillons.

  • Cellulaires : micro-organismes, cellules eucaryotes
  • Moléculaires : ARN, ADN, plasmides
  • Cliniques : produits du sang, tissus/biopsies, prélèvements cutanés ou vaginaux, fécès
  • Environnementaux : eaux, boues, sols, milieux aquatiques
  • Issus de process industriels (ex : fermenteurs)

Nos forces

Notre offre de services

Préparation de matériel biomoléculaire

Prestations :

  • Extraction et Purification de matériel biologique (ADN, ARN, plasmide) suivi d’un dosage et d’un contrôle d’intégrité du matériel extrait
  • Construction et Préparation d’ADN plasmidique
  • Constitution de banques d’ADN génomique

Prestations réalisées à partir d’échantillons simples ou complexes.

Analyses PCR / RCA PCR / qPCR / RT-qPCR

Prestations :

  • Amplification, détection, qualification et quantification de matériel génétique (ADN, ARN, plasmide, virus sous forme épisomale…)
  • Interprétation des résultats de qPCR en lien avec les objectifs de l’étude

Smaltis propose à la fois des analyses de routine selon des protocoles standardisés et des analyses personnalisées avec une phase amont de préparation du matériel biologique.

Analyses de séquençage haut débit

Prestations :

  • Analyses de séquençage haut débit (NGS) des acides nucléiques de prélèvements divers pour étudier la composition en microorganismes
  • Séquençage réalisé au choix sur :
    -ADN codant pour la région 16S du ribosome bactérien
    -Région ITS du ribosome fongique
    -ADN total microbien contenu dans l’échantillon (séquençage Shotgun).

Ces prestations sont réalisées en partenariat avec un prestataire de séquençage qualifié. Smaltis intervient en amont pour la préparation des échantillons, puis dans l’interprétation des résultats. En effet, à partir des données de métagénomique générées, une étude comparative, quantitative et qualitative des population est réalisée. Le profil métatranscriptomique peut également être établi, dans le but d’analyser l’expression de gènes et d’identifier l’activation de voies métaboliques particulières.

Etudes de cas

Caractérisation moléculaire d’échantillons complexes

Extraction de l’ADN total de fèces de souris, protocole d’enrichissement puis séquençage haut débit de l’ARN ribosomal bactérien pour identifier les micro-organismes présents et analyser l’effet du traitement sur la richesse et la diversité bactériennes.

Evaluation de l'effet d’une molécule thérapeutique, nutraceutique ou cosmétique ou d’un procédé sur une cible/gène donné

Design complet du protocole d’étude et des conditions de réalisation, et analyse de la quantité de transcrits par RT-qPCR des gènes d’intérêt après extraction de l’ARN.

Validation externe/comparaison de réactifs/appareils/kits de biologie moléculaire à usage recherche ou diagnostic

A partir d’un large panel de souches bactériennes cliniques de différentes espèces, confirmation de leur mécanisme de résistance par PCR, et détermination de l’efficacité du kit de diagnostic. Participation à l’établissement des documents réglementaires nécessaires à l’IVD-R.

Contrôle qualité de plasmides, protéines recombinantes, ou microorganismes utilisés dans les bioprocédés pharmaceutiques

Développement des cibles bactériennes pour MLVA et d’une technique de PCR Multipex pour identifier précisément les bactéries présentes dans le mélange et vérifier leur stabilité d’un lot de production à l’autre.